La unidad básica de la organización de la Fuerza es el Ala, compuesta por uno o más Grupos de Fuerzas Aéreas cada uno de los cuales suele tener dos escuadrones. Cuando existe un tercer Escuadrón suele tratarse de una unidad de transición o entrenamiento donde se encuadran las aeronaves de un nuevo modelo que dotará a la unidad o bien donde reciben entrenamiento los nuevos pilotos.

Cada Escuadrón está integrado por un número variable de aeronaves, que pueden ser 18 o 24 aviones en el caso de los Escuadrones de Caza y Ataque. Así, el Ala 15, con base en Zaragoza, la forman dos escuadrones con 18 aviones F-18 cada uno.

Los aviones no están asignados al escuadrón como se había hecho con anterioridad sino que 'pertenecen' al Grupo de Material que los pone a disposición -según disponibilidad- para las misiones a realizar por los escuadrones operativos.

En caso de que sea necesario realizar operaciones en zonas alejadas de sus bases, puede formarse una fuerza expedicionaria que estará formada por un número de aeronaves, personal y elementos de apoyo en consonancia con la misión asignada y que pueden pertenecer a diferentes unidades formando un grupo expedicionario que estuviera formado, por ejemplo por aviones de transporte, aviones de caza y helicópteros de rescate, así como los elementos de apoyo y defensa terrestre o protección antiaérea necesarios.

Codificación y numerales Las aeronaves que utilizan las Fuerzas Aéreas son identificadas mediante su matrícula y su indicativo.